Los objetos naturales poseen un atractivo único, y no hay dos exactamente iguales en cuanto a color, forma o tamaño. Si bien existen numerosos coleccionistas privados de estos objetos, los museos son el único lugar donde se pueden encontrar especímenes considerados tesoros nacionales, en particular fósiles y minerales, de gran tamaño, en excelente estado o extremadamente raros.
Desde fósiles reales de criaturas antiguas excavados en Japón hasta las impresionantes colecciones de minerales domésticos albergados en algunos de los principales museos integrales de Japón, esperamos que venga y vea por sí mismo las numerosas obras maestras y artículos raros que a veces reflejan los pasatiempos y gustos de los directores y curadores de los museos.
Museo de Fósiles de Ashoro
Fósil real de Ashoroa
Un misterioso mamífero que floreció en el antiguo Hokkaido
La ciudad de Ashoro, ubicada en el centro-este de Hokkaido, es una importante fuente de fósiles de mamíferos marinos conocidos como sectolitos. Entre ellos, el fósil de Ashoroa, que vivió hace aproximadamente 28 millones de años y se considera el sectolito más antiguo del mundo, es una visita obligada.
Además de los fósiles descubiertos en Ashoro, el museo también exhibe numerosos esqueletos reconstruidos de Desmostylus, una especie representativa de Desmostylidae. Es una vista verdaderamente espectacular, que permite observar de cerca casi todas las especies de Desmostylidae.
Esqueleto reconstruido de un estilostilo. Se cree que pasó la mayor parte del tiempo en el agua. Propiedad del Museo Ashoro de Animales Fósiles. 
Fue inaugurado en el año 1998.
Museo Conmemorativo Mizuta de la Universidad Josai, Galería de Fósiles Oishi
Fósil real de Belanthocea
Un pez cartilaginoso de forma extraña y con aletas grandes.
La colección de aproximadamente 200 fósiles reales recopilados por el profesor emérito Michio Oishi de la Universidad de Tokio incluye el fósil de Bellanthocea, un pez cartilaginoso que vivió hace aproximadamente 300 millones de años.
Me fascinan sus extrañas formas corporales con grandes aletas, que no se parecen en nada a los tiburones ni a otros peces cartilaginosos que imaginamos. Cuando veo criaturas antiguas con formas y apariencias completamente diferentes a las de los seres vivos, me emociono al pensar en cómo evolucionaron.
Todos los fósiles son reales. 
Se inauguró en 2013 y cuenta con una gran variedad de fósiles de celacanto.
Museo Nacional de Naturaleza y Ciencia
Cristales gemelos de estilo japonés de la ciudad de Kofu, prefectura de Yamanashi
Un cristal en forma de corazón de tamaño y claridad impresionantes.
Las maclas se forman cuando minerales del mismo tipo se unen en un ángulo determinado. Entre ellas, se dice que este enorme cristal de cuarzo de estilo japonés fue desenterrado en Yahatayama, ciudad de Kofu, prefectura de Yamanashi, en la década de 1940.
Se dice que fue recolectado por Toshiyuki Fujiwara, un maestro buscador de cristales. Mide unos 20 cm de altura y tiene adherida su roca madre. Su tamaño y transparencia son incomparables, lo que lo convierte en un mineral de categoría tesoro nacional que no puede pasarse por alto.
Alberga más de 30.000 ejemplares de casi todas las especies minerales que se encuentran en Japón. 
Fue fundada en 1877.
Museo de la Universidad de Kioto
Estibina de Ichinokawa (Colección Hiki)
La vibrante belleza de los minerales de clase mundial de Japón
Los brillantes cristales columnares de color blanco plateado son estibina. Entre los especímenes extraídos en la mina Ichinokawa, en la prefectura de Ehime, considerada la más grande y hermosa del mundo, los de este museo están particularmente bien conservados y son de alta calidad.
Esta estibina de Ichinokawa es un ejemplo representativo de un mineral metálico nacional. Se ha vuelto tan famosa que muchos de los mejores ejemplares se han exportado al extranjero, pero este es uno de los pocos ejemplares de gran tamaño que quedan en Japón.
La exposición permanente basada en los resultados de la investigación de la Universidad de Kioto es atractiva. 
Fue inaugurado en el año 2001.
Museo Genbudo
Amazonita
Un mineral vibrante y gigantesco que ha captado la atención de la nación.
Este enorme grupo de cristales de amazonita, con su llamativo color verde vibrante, fue descubierto en Colorado, EE. UU., y causó revuelo en todo el país cuando se descubrió debido a su tamaño y belleza.
Esta amazonita es reconocida entre los aficionados a los minerales como un ejemplar de primera clase. Su tamaño y excelente estado la convierten en una obra maestra icónica que incluso los menos entusiastas querrán ver.
En el Museo Genbudo se conservan aproximadamente 4.000 minerales y fósiles raros. 
El edificio está modelado a partir de una piedra de basalto hexagonal.
